BLASTP 2.2.11 [Jun-05-2005] Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= gi|24497607 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] (522 letters) Database: hs.faa 37,866 sequences; 18,247,518 total letters Searching..................................................done Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value gi|24497609 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] 1022 0.0 gi|24497607 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] 1022 0.0 gi|24497605 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] 1022 0.0 gi|24497603 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] 1022 0.0 gi|222144277 nucleoporin 62kDa C-terminal like [Homo sapiens] 173 3e-43 gi|153945878 mucin 5, subtype B, tracheobronchial [Homo sapiens] 90 6e-18 gi|161019170 mucin 5AC [Homo sapiens] 89 1e-17 gi|161016767 mucin 21 [Homo sapiens] 84 4e-16 gi|30102928 nucleoporin like 1 isoform a [Homo sapiens] 78 2e-14 gi|56788377 nucleoporin like 1 isoform b [Homo sapiens] 76 9e-14 gi|239743291 PREDICTED: mucin 3A, intestinal [Homo sapiens] 75 1e-13 gi|24430146 nucleoporin 153kDa [Homo sapiens] 75 2e-13 gi|56549645 nucleoporin 98kD isoform 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hypothetical protein [Homo sapiens] 70 4e-12 gi|239740777 PREDICTED: hypothetical protein [Homo sapiens] 70 4e-12 gi|239740724 PREDICTED: hypothetical protein [Homo sapiens] 70 4e-12 >gi|24497609 nucleoporin 62kDa [Homo sapiens] Length = 522 Score = 1022 bits (2642), Expect = 0.0 Identities = 522/522 (100%), Positives = 522/522 (100%) Query: 1 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF 60 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF Sbjct: 1 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF 60 Query: 61 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN 120 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN Sbjct: 61 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN 120 Query: 121 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA 180 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA Sbjct: 121 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA 180 Query: 181 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= 2e-12 Identities = 86/332 (25%), Positives = 135/332 (40%), Gaps = 45/332 (13%) Query: 17 TFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTPATQTTGFTF 76 T T TTT +T S +T+ + + A S +T + ++T + TTG Sbjct: 565 TVSTTGAETTTDSTEGSGTTAASTAGSETTTVSTADSENTTAS-TADSETTSASTTGSET 623 Query: 77 GTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGF--------GLGSSNLTNAISST 128 TA+ S T + G+ +S T + M + +G G ++ ++ S T Sbjct: 624 TTASTTSSETTTASTEGSETTTVSTTDSETTMVSTTGSERTITSTEGSETTTVSATGSET 683 Query: 129 VTSSQGTAPTGF-VFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGS---TAQPSGFNIGSAGNSAQPTA 184 S++G+ T + G TT V+ + + T GS TA +G +A T Sbjct: 684 TVSTEGSGTTTVSITGSETTKVSTTGSETTITSTEGSEITTASITGSETTTASTEGSETT 743 Query: 185 PATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATI---------------------TSTGPSLFA 223 A+ + T A+TT T A+ T + T ST S Sbjct: 744 TASTEGSETTSASTTGSETTTASTTSSETTMASIMGSETTMASTIGSETTKVSTASSKMT 803 Query: 224 SIAT--APTSSATTGLSLCTPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTST--AATATA 279 ++ T + T+ A+T S T V+TAG+ T + A A S T+TTTST + T TA Sbjct: 804 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T V + + +TT G T STA + G+ + A T +T Sbjct: 193 ETTTVSTAGSETTTVSTT--GSETTTASTAHSETTAASTMGSETTKVSTAGSETTVSTAG 250 Query: 197 ATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCTPVTTAGAPT--AGTQ 254 + T A+ + T TA T + AS T++A+T S T +T G+ T A T Sbjct: 251 SETTAASTEDSETNTA-FTEDSKTTTASTTGFETTAASTTGSEPTMASTMGSETTMASTI 309 Query: 255 GFSLKAPGAASGTSTTTSTAATAT--ATTTSSSSTTGFALNLKPLAPAGIPSNTAAAVTA 312 G AS TT A + T A+T S +TT ++ G + TA+ + + Sbjct: 310 GPETTKVSTASSEVTTVFAAGSETIRASTVGSETTT--------VSTTGSETTTASIMGS 361 Query: 313 PPGPGAAAGAAASSAMT 329 + G+ ++A T Sbjct: 362 ETSTDSTTGSETTTAST 378 Score = 56.6 bits (135), Expect = 5e-08 Identities = 68/313 (21%), Positives = 122/313 (38%), Gaps = 18/313 (5%) Query: 17 TFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTPATQTTGFTF 76 T T + TT +T S +T+ + + P A S +T + ++T T G Sbjct: 804 TVFTENSETTIASTTASETTTVSTAGSETIPASTAGSETTTTTSTEGSETTTASTEGSET 863 Query: 77 GTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSNLTNAISSTVTSSQGTA 136 TA+ S T + IG+ S + + G +++ + +TV+++ Sbjct: 864 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+ + T T T+ + T Sbjct: 365 TDSTTGSETTTASTEGSETTTASTEGSEATTVSTTGSETTTVSITDSETTTTCTEGSEMT 424 Query: 76 FGTATLASGGT----GFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN---LTNAISST 128 + T+ T G + I ++ + + TA+T + GS T +T Sbjct: 425 AVSTTVFETTTASTEGSEITIASTSDSETTTASTEGSETTTVTTAGSETKTAYTTGSETT 484 Query: 129 VTSSQGTAPTG-FVFGPSTTSVAP------ATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSAQ 181 S+ G T F G TT+ + A ++ G T ST + + G+ Sbjct: 485 TASNTGLETTTVFTIGSDTTTASTEGSETTAVSATGSEMTTVSTEGSENTTVSTTGSETT 544 Query: 182 PTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCT 241 + L T + + T T + AS A + T++ +T S T Sbjct: 545 TVSTTGLETTTTSTEGSEMTTVSTTGAETTTDSTEGSGTTAASTAGSETTTVSTADSENT 604 Query: 242 PVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSS 286 +TA + T + A++ +S TT+ + + TTT S++ Sbjct: 605 TASTADSETTSASTTGSETTTASTTSSETTTASTEGSETTTVSTT 649 Score = 45.1 bits (105), Expect = 2e-04 Identities = 67/233 (28%), Positives = 91/233 (39%), Gaps = 40/233 (17%) Query: 9 TGAPTGGFTFGTAKTA----TTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPS-------T 57 T A T G 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TETTSHSTPSYTTSITTTET----------PSHSTPSYTTSITTTETPSHSTPSFTSSIT 121 Query: 80 TLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAA--TPAMANPSGFGLGSSNLTNAISSTVTSSQGTAP 137 T + T S S + + T + TP+ + + +S+ T + +++T+++ + Sbjct: 122 TTET--TSHSTPSFTSSIRTTETTSYSTPSFTSSNTITETTSHSTPSYITSITTTETPSS 179 Query: 138 TGFVFGPS-TTSVAPATTSGGF--SFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSAQPTAPATLPFTPAT 194 + F S TT+ + ++ GF S T T S + S+ + + T+ T FT + Sbjct: 180 STPSFSSSITTTETTSHSTPGFTSSITTTETTSHSTPSFTSSITTTETTSHDTPSFTSSI 239 Query: 195 PAATTAGATQPAAP---TPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCTPVTTAGAPTA 251 + T + P++ T T T + + PS +SI T T+S + S + +TT + Sbjct: 240 TTSETPSHSTPSSTSLITTTKTTSHSTPSFTSSITTTETTSHSAH-SFTSSITTTETTSH 298 Query: 252 GTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNL 294 T+ F+ + + +TTS ++ T T T+S ST F+ ++ Sbjct: 299 NTRSFTSSITTTETNSHSTTSFTSSITTTETTSHSTPSFSSSI 341 Score = 59.3 bits (142), Expect = 8e-09 Identities = 82/353 (23%), Positives = 133/353 (37%), Gaps = 41/353 (11%) Query: 9 TGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTPA 68 T T FT 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A + T++ +T S T Sbjct: 545 TVSTTGLETTTTSTEGSEMTTVSTTGAETTTDSTEGSGTTAASTAGSETTTVSTADSENT 604 Query: 242 PVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSS 286 +TA + T + A++ +S TT+ + + TTT S++ Sbjct: 605 TASTADSETTSASTTGSETTTASTTSSETTTASTEGSETTTVSTT 649 Score = 45.1 bits (105), Expect = 2e-04 Identities = 67/233 (28%), Positives = 91/233 (39%), Gaps = 40/233 (17%) Query: 9 TGAPTGGFTFGTAKTA----TTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPS-------T 57 T A T G TA TA TT +G +T+ T G P + T + T Sbjct: 1194 TTASTAGSETTTASTAGSETTTASTSGSETNTACTTGSETSTPSSAGSETNTAFIIGSET 1253 Query: 58 GLFSLATQTP-ATQTTGFTFGTATL-ASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANP---- 111 + S A+ P AT TG T ++ ASG T S + ++ L T AT P Sbjct: 1254 TIASTASLEPTATSLTGSETTTVSITASGATAASTTVSSTTFVL--TKATDVSIQPITNT 1311 Query: 112 --SGFGLGSSNLTNAISSTVTSSQG----------TAPTGFVF-----GPSTTSVAPATT 154 SG + LT SS+VT + G T P G V G ST + T+ Sbjct: 1312 PMSGTRTTGTRLT--ASSSVTMAPGMDFTASAASHTVP-GIVLNTSGLGTSTMGASSTTS 1368 Query: 155 SGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSAQPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAA 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AETTTDSTEGSGTTAASTAGSETTTV--STADSENTTASTADSETTSASTTGSETT---- 645 Query: 256 FSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSST 287 AS TS+ T+TA+T + TT+ S+T Sbjct: 646 -------TASTTSSETTTASTEGSETTTVSTT 670 Score = 53.5 bits (127), Expect = 5e-07 Identities = 66/287 (22%), Positives = 113/287 (39%), Gaps = 31/287 (10%) Query: 8 GTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTP 67 G+ T TA+T + + ST+G+ T+T + G A T Sbjct: 391 GSETTTASTEGSETTTASTEGSEATTVSTTGSETTTVSITDSETTTTCTEGSEMTAVSTT 450 Query: 68 ATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSNLTNAISS 127 +TT + G + I ++ + + TA+T GS ++ Sbjct: 451 VFETT---------TASTEGSEITIASTSDSETTTASTE----------GSE------TT 485 Query: 128 TVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGS---TAQPSGFNIGSAGNSAQPTA 184 TVT++ T + G TT+ + FT GS TA G + + Sbjct: 486 TVTTAGSETKTAYTTGSETTTASNTGLETTTVFTIGSDTTTASTEGSETTAVSATGSEMT 545 Query: 185 PATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTP-TATITSTGPSLFASIAT--APTSSATTGLSLCT 241 + + T +TT T + T T TST S +++T A T++ +T S T Sbjct: 546 TVSTEGSENTTVSTTGSETTTVSTTGLETTTTSTEGSEMTTVSTTGAETTTDSTEGSGTT 605 Query: 242 PVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTT 288 +TAG+ T + A++ S TTS + T + TTT+S++++ Sbjct: 606 AASTAGSETTTVSTADSENTTASTADSETTSASTTGSETTTASTTSS 652 Score = 53.1 bits (126), Expect = 6e-07 Identities = 47/185 (25%), Positives = 80/185 (43%), Gaps = 18/185 (9%) Query: 145 STTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPS-GFNIGSAGNSAQPTAPATLPFTPATPAATTAGAT 203 +TTS A + S + +T P+ G N +A + T + + T A+T T Sbjct: 7 TTTSTADSKVITASSMSSETTVAPAAGSNTTTASTTGSETTTILIKASETTTASTAGSET 66 Query: 204 QPAAPTPTAT---------ITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC---TPVTTAGAPTA 251 +PT + T IT+T + + + S TT S+ + ++TAG+ T Sbjct: 67 TTPSPTGSQTTIVSISGSEITTTSTAGSENTTVSSAGSGTTTASMAGSESTISTAGSETT 126 Query: 252 -----GTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPAGIPSNT 306 GT+ + A G+ + T++TTS+ T T+T S ++T + A T Sbjct: 127 TVSITGTETTMVSAMGSETTTNSTTSSETTVTSTAGSETTTVSTVGSETTTAYTADSETT 186 Query: 307 AAAVT 311 AA+ T Sbjct: 187 AASTT 191 Score = 51.2 bits (121), Expect = 2e-06 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T++ G T ST + + S +A T + T FT + Sbjct: 126 TNSTTSSETTVTSTAGSETTTVSTVGSETTTAYTADSETTAASTTGSEMTTVFTAGSETI 185 Query: 198 T--TAGA---TQPAAPTPTATITSTGP-SLFASIATAPTSSATTGLSLCTPVTTAGAPTA 251 T TAG+ T A + T T+++TG + AS A + T++A+T S T V+TAG+ T Sbjct: 186 TPSTAGSETTTVSTAGSETTTVSTTGSETTTASTAHSETTAASTMGSETTKVSTAGSETT 245 Query: 252 GTQGFSLKAPGAASGTSTT-------------TSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLA 298 + +G+ TT T + T TA+TT +T +P Sbjct: 246 VS----------TAGSETTAASTEDSETNTAFTEDSKTTTASTTGFETTAASTTGSEPTM 295 Query: 299 PAGIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMT 329 + + S T A T GP + ASS +T Sbjct: 296 ASTMGSETTMASTI--GPETTKVSTASSEVT 324 Score = 66.6 bits (161), Expect = 5e-11 Identities = 74/272 (27%), Positives = 111/272 (40%), Gaps = 28/272 (10%) Query: 25 TTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTPATQTTGFTFGTATLASG 84 TT ATG + S G G T + +T + + ++T T T G TA++ Sbjct: 674 TTVSATGSETTVSTEGS---GTTTVSITGSETTKVSTTGSETTTTSTEGSEITTASI--- 727 Query: 85 GTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSNLTNAISS---TVTSSQGTAPT-GF 140 TG +++ + + 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ST + + G+ T+ T + + Sbjct: 623 TTTASTTSSETTTASTEGSETTTVSTTDSETTMVSTTGSERTITSTEGSETTTVSATGSE 682 Query: 200 AGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCT-PVTTAGAPTAGTQGFSL 258 + + T T +IT + + ++ + T+++T G + T +T + TA T+G Sbjct: 683 TTVSTEGSGTTTVSITGSETTKVSTTGSETTTTSTEGSEITTASITGSETTTASTEGSET 742 Query: 259 KAPGAASGTSTTTST--AATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPAGIPSNTAAAVTA 312 +T+ ST + T TA+TTSS +T + + + I S T TA Sbjct: 743 TTASTEGSETTSASTTGSETTTASTTSSETTMASIMGSETTMASTIGSETTKVSTA 798 Score = 63.9 bits (154), Expect = 3e-10 Identities = 68/280 (24%), Positives = 115/280 (41%), Gaps = 26/280 (9%) Query: 53 STPSTGLFSLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPS 112 S+ +T + + T TTG T + + T + G+ S T + + + S Sbjct: 2 SSETTVAPAAGSNTTTASTTGSETTTILIKASETTTASTAGSETTTPSPTGSQTTIVSIS 61 Query: 113 GFGLGSSNLTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFN 172 G + +++ + ++TV+S+ T + G TT + + S TG T S Sbjct: 62 GSEITTTSTAGSENTTVSSAGSGTTTASMAGSETTVSTAGSETTTVSITGTETTMVSAMG 121 Query: 173 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Query: 121 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGS---TAQPSGFNIGSAG 177 T +I + T++ + G TT+V+ T + T GS T +G + Sbjct: 994 TTASIEGSETTTVSST------GSETTTVSTTGTETTITSTEGSETTTVTTAGSETTAVY 1047 Query: 178 NSAQPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPA--APTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATT 235 + T + + T +TT T A A T T++++G + T+++T Sbjct: 1048 TTGSETTTTSTEGSETTTVSTTGSETTTASTADLETTTVSTSG--------SGTTTASTA 1099 Query: 236 GLSLCTP-VTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNL 294 G T +T + TA T+G S +TT ST + T ++ S T + Sbjct: 1100 GSETTTVYITGSKTTTASTEGSEATTVSTTSSETTTASTTGSEMTTVFTTVSETTTVSTI 1159 Query: 295 KPLAPAGIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYA 331 A + + A T+ G + A S T A Sbjct: 1160 GSEATTSSAAGSEATTTSTEGSETTTASTAGSETTTA 1196 Score = 62.4 bits (150), Expect = 1e-09 Identities = 79/338 (23%), Positives = 138/338 (40%), Gaps = 31/338 (9%) Query: 9 TGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTPA 68 T + TG T + T T T T ST G+ T+ +TG + T T Sbjct: 1005 TVSSTGSETTTVSTTGTETTIT----STEGSETTTVTTAGSETTAVYTTGSETTTTSTEG 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Search results were obtained with NCBI BLAST and RefSeq entries.
Guide to the Human Genome
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